От отца ребёнок получает половину аутосомных генов, Y-хромосому сыну (или X-хромосому дочери) и вклад в de novo мутации, частота которых растёт с возрастом отца. Y-сцепленные заболевания передаются только сыновьям. Все дочери получают X-хромосому отца — с ней могут идти X-сцепленные варианты. С возрастом >40 лет у отца частота de novo мутаций в сперматозоидах возрастает в 3–4 раза по сравнению с молодым возрастом.
Что передаёт отец: обзор генетических компонентов

| Компонент | Кому передаётся | Что несёт |
| 22 аутосомы (по одной из каждой пары) | Всем детям | Большинство генов и рисков |
| X-хромосома | Только дочерям | X-сцепленные гены; дочери — носительницы или больные |
| Y-хромосома | Только сыновьям | Y-сцепленные признаки, мужские маркеры |
| De novo мутации | Всем детям | Новые мутации в сперматозоидах, частота растёт с возрастом |
Y-сцепленные заболевания: только по мужской линии сыновьям

Y-хромосома содержит около 70 генов (менее 0,5% генов человека). Большинство связаны с мужской фертильностью и дифференцировкой пола. Y-сцепленные заболевания передаются исключительно от отца к сыну: все сыновья отца наследуют его Y-хромосому, дочери не наследуют Y и не могут быть носительницами Y-сцепленных вариантов.
- AZF-делеции (azoospermia factor): мужское бесплодие, передаётся сыновьям при ЭКО с ИКСИ
- Синдром Суайера (46,XY полная дисгенезия гонад): de novo или наследственный
- Синдром Нунан (частично Y-сцепленный) — редкие формы
- Спектр Y-сцепленных болезней узок: большинство мужских заболеваний — аутосомные
⚠ При мужском бесплодии, связанном с AZF-делецией, ЭКО/ИКСИ позволяет получить ребёнка, но сыновья унаследуют делецию и также будут бесплодны. Это важно обсудить с генетиком до программы.
X-хромосома от отца: все дочери — потенциальные носительницы
Все дочери получают X-хромосому отца. Если у отца есть X-сцепленный вариант, все дочери будут его носительницами (или, в редких случаях, проявят болезнь при особом сочетании аллелей). Сыновья не получают X от отца, поэтому X-сцепленные болезни по отцовской линии не передаются сыновьям напрямую — но через дочерей могут идти внукам.
| Х-сцепленное состояние | Кто болеет | Кто носитель |
| Гемофилия A/B | Сыновья носительниц | Дочери отцов с гемофилией |
| Дальтонизм (красно-зелёный) | Сыновья носительниц | Дочери отцов с дальтонизмом |
| Мышечная дистрофия Дюшена | Сыновья носительниц | Дочери отцов с мутацией |
| Синдром ломкой X (FXS) | Чаще сыновья | Дочери — носительницы с перестановкой |
Возраст отца и de novo мутации: что меняется после 40 лет

По данным Kong A. et al. (Nature, 2012), с каждым годом жизни отца число de novo мутаций в сперматозоидах увеличивается примерно на 2 мутации/год. У 40-летнего отца в 3–4 раза больше de novo мутаций, чем у 20-летнего.
- Ахондроплазия (карликовость): в >80% случаев — de novo мутация отцовского происхождения, риск растёт с возрастом отца
- Ряд форм аутизма: связь с de novo вариантами в сперме при позднем отцовском возрасте
- Шизофрения: умеренная ассоциация с de novo вариантами от отцов 35+
- Синдром Аперта, синдром Крузона: почти всегда de novo из отцовской линии
